Genotypisierung

Genotypisierung

Mit einer Genotypisierung soll zum einen geklärt werden, ob ein Labortier transgen ist oder nicht. Zum anderen kann bestimmt werden, ob es sich um ein homo- oder heterozygotes Tier handelt und wie viele Kopien eines Genes vorhanden sind. Methode der Wahl ist hierbei die PCR und die RT-PCR.

Wir führen Einfach-PCRs genauso durch wie Doppel- oder Vielfach-Allel-PCRs. Restriktionsverdau und Gelelektrophorese bieten wir genau so an, RT-PCR und Sequenzierungen für SNPs und Indels.

Der bereits etablierte PCR-Assay wird dabei vom Kunden bereitgestellt, oder es werden Standard-PCR-Assays (Jackson Lab) für die Portierung, Validierung und Optimierung verwendet. Darüber hinaus bieten wir die Entwicklung von neuen PCR-Assays an.

Schon 2-3 mm einer Schwanz-oder Ohrbiopsie reichen für eine solche Testung aus.

Die Prä- und Post-PCR-Bereiche sind im Labor klar getrennt, um Kontaminationen zu vermeiden. Zusätzliche Kontrolluntersuchungen, die bei jedem Assay mitlaufen, sichern dies ab. Lyse und DNA-Extraktion der Biopsien erfolgt in 1,5 ml Reaktionsgefäßen, Amplifikation in PCR- (Applied Biosystems, Biometra, peqlab) und RT-PCR-Cyclern (Applied Biosystems).

Durch die Anzahl unserer PCR-Cycler können wir mehr Variationen von PCR-Programmen gleichzeitig bearbeiten als es mit einem Gradienten-Cycler möglich wäre. Durch 12 PCR-Cycler können nicht nur Temperaturen, sondern auch Zeiten variiert werden und so in der Optimierung von PCR-Assays Zeit gewonnen werden.

Eine Gel-basierte Detektion von PCR-Produkten erfolgt durch Hochdurchsatz-Kapillar-Gelelektrophorese mit Hilfe des QIAxcel-Systems (Qiagen). Deletionen /Insertionen und SNPs sequenzieren wir in Spezialfällen durch den 3730 DNA-Analyzer (Applied Biosystems).

Diese Dienstleistungen erbringen wir in Zusammenarbeit mit der StarSEQ GmbH, Mainz.